Webpay, Mercado Pago, Flow o Khipu: cuál conviene a tu tienda

Para una tienda online en Chile, una combinación práctica es Webpay para tarjetas y una opción de transferencia como Khipu; Mercado Pago y Flow convienen cuando quieres muchos medios de pago en una sola integración. A noviembre de 2026, Transbank cobra 1,49 % + IVA en débito y 2,29 % + IVA en crédito a comercios nuevos, Khipu 0,69 % + IVA, y Mercado Pago y Flow desde 2,89 % + IVA. La elección depende de cómo pagan tus clientes y de cuánto puedes esperar el dinero.

Abajo tienes la comparación completa, un ejemplo con números y una forma simple de decidir.

Comparación de comisiones y plazos de abono

Todos los valores son los publicados por cada empresa en su sitio oficial, a noviembre de 2026. Ninguno incluye IVA.

Algunas precisiones importantes:

• Transbank: las tasas de 2,29 % y 1,49 % aplican desde el 1 de septiembre de 2026 y solo para comercios nuevos. Los mínimos en UF se cobran únicamente cuando el porcentaje da un monto menor.
• Mercado Pago: la tasa es igual para todos los medios de pago que use tu cliente. Para usuarios nuevos del link de pago hay una tasa promocional de 2,23 % al instante, con tope de $3.000.000 y 90 días.
• Flow: cobra $202 + IVA por cada reembolso. Su tabla incluye además una fila de transferencias a 0,99 % + IVA con un costo fijo de $100 + IVA; confirma con Flow a qué medio aplica antes de contar con ella.
• Khipu: es pago por transferencia bancaria desde la cuenta del cliente, no con tarjeta.

¿Cuánto pagas de verdad en una venta?

Una comisión «+ IVA» se multiplica por 1,19. Este es el costo aproximado de una venta de $30.000 con cada opción:

En una venta, la diferencia parece chica. En 300 ventas al mes, la distancia entre la opción más cara y la más barata de esta tabla supera los $250.000. Por eso vale la pena saber qué medio usan tus clientes y empujar el más conveniente sin quitar los demás.

Webpay de Transbank: tarjetas con abono rápido

Webpay es la solución de Transbank para pagar con tarjeta en sitios web. Con Webpay Plus contratas directamente con Transbank.

A favor - Comisiones bajas en débito. - Abono en 24 horas hábiles (débito y prepago) y 48 horas hábiles (crédito), según Transbank. - Sin mensualidad: solo pagas por venta.

A considerar - La integración técnica la haces tú, tu plataforma o con apoyo de Transbank. - Sin inicio de actividades, el tope es de $200.000 por transacción. - Solo cubre tarjetas; para transferencias necesitas otra opción.

Mercado Pago: muchos medios en un solo lugar

Mercado Pago agrupa tarjetas, saldo en cuenta y otros medios bajo una sola integración, y tiene link de pago para cobrar por WhatsApp o Instagram.

A favor - Una sola comisión para todos los medios de pago. - Puedes elegir recibir el dinero al instante (3,19 % + IVA) o esperar 10 días y pagar menos (2,89 % + IVA). - Sirve también para cobrar con link por redes sociales o WhatsApp.

A considerar - Comisión más alta que Webpay en débito. - Las cuotas sin interés suman entre 1,99 % (3 cuotas) y 6,99 % (12 cuotas), según su sitio.

Flow: una tarifa plana para todo

Flow es un intermediario que reúne Webpay, otras tarjetas, transferencias, billeteras digitales y efectivo, con una misma tasa para casi todos los medios.

A favor - Una sola integración y una sola tarifa: 2,89 % + IVA con abono al 3.er día hábil. - Si necesitas el dinero antes, 3,19 % + IVA al día hábil siguiente. - Sin costo fijo.

A considerar - En débito pagas más que con Webpay directo. - Los reembolsos tienen costo ($202 + IVA cada uno).

Khipu: transferencias sin tarjeta

Khipu permite que el cliente pague transfiriendo desde su banco, sin escribir datos de tarjeta, y tu tienda recibe la confirmación automática.

A favor - La comisión más baja de esta comparación: 0,69 % + IVA, o una tarifa fija de UF 0,0105 + IVA por transacción. - Rendición al día hábil siguiente, según Khipu. - Útil para clientes que no usan tarjeta de crédito.

A considerar - No reemplaza a las tarjetas: necesitas otra opción al lado. - El cliente debe tener acceso a su banco en línea al momento de pagar.

¿Y la transferencia manual?

Publicar tus datos bancarios y esperar el comprobante no tiene comisión de pasarela, pero tiene costos escondidos: revisar cada depósito, confirmar pedidos a mano y perder clientes que no quieren esperar. Sirve para partir o para pedidos grandes de clientes conocidos. Para una tienda con varios pedidos diarios, un medio con confirmación automática como Khipu suele salir más a cuenta en tiempo.

Cómo elegir en 5 pasos

1. Mira cómo pagan tus clientes hoy. Si vendes por Instagram, revisa cuántos te transfieren y cuántos te piden tarjeta.
2. Parte con tarjetas. Webpay directo o a través de un intermediario es casi obligatorio.
3. Agrega una opción de transferencia con confirmación automática.
4. Decide cuánto puedes esperar el dinero. Esperar unos días baja la comisión en Mercado Pago y Flow.
5. Calcula con tus números reales, no con una venta de ejemplo: ticket promedio, ventas al mes y porcentaje con crédito.

Los costos de pago son solo una parte del presupuesto. En cuánto cuesta tener una tienda online en Chile los sumamos con la plataforma, el dominio y los envíos. Y no olvides que cada pago aprobado debe ir con su documento tributario: lo explicamos en boleta electrónica en una tienda online.

Un detalle que afecta tus ventas: el checkout

El medio de pago también influye en cuántos clientes terminan la compra. Si el cliente no encuentra su forma de pago preferida, o si el paso de pago es largo, abandona. En carrito abandonado: cómo recuperar ventas hay ideas concretas para eso.

Tiendo, la plataforma chilena en acceso anticipado, está pensada para incluir Webpay, Mercado Pago, Flow, Khipu y transferencia sin cobrar comisión propia por venta; las comisiones de cada pasarela se mantienen. Puedes revisar los planes y reservar tu tienda en tiendo.lat.

Las tarifas de terceros cambian. Antes de contratar, confirma los valores vigentes en el sitio oficial de cada empresa.